Agradeço a atenção de todos e gostaria de informar que o PROBLEMA foi SOLUCIONADO, como relato abaixo.
Adriano,
agradeço a dica, realmente não chequei a integridade do sistema de arquivos.
Como não coloquei o '/usr/bin' em partição separada tive que procurar uma forma para forçar a verificação da raiz.
Não daria pra fazer online, tem que desmontar a partição.
Algumas sugestões que achei era criar um arquivo vazio nomeado 'forcefsck' na raiz e reiniciar, para que na próxima inicialização fosse feita uma verificação forçada dos sistemas de arquivos. Mas como eu não teria como interagir e nem acompanhar o progresso, optei por uma alternativa encontrada aqui:
http://bitsofmymind.com/2014/03/14/how-to-fix-fsck-your-root-file-system-that-you-have-to-boot-into-on-linux/1- Edite os parâmetros de montagem da partição raiz para apenas leitura (remount,ro) no '/etc/fstab';
2- Reinicie;
3- Logue no sistema e force uma verificação, no meu caso: fsck -f /dev/md1
4- Remonte a partição com opção de escrita (mount -o remount,rw /dev/md1);
5- Edite seu '/etc/fstab' para sua configuração padrão.
Após a verificação o comando 'ls -la /usr/bin | grep dir' me retornou:
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-rwxr-xr-x 1 root root 38536 Mar 14 2015 dircolors
-rwxr-xr-x 1 root root 26216 Mar 14 2015 dirname
-rwxr-xr-x 1 root root 376828 Dez 14 2015 grub-mknetdir
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Arquivo de volta. :D