De ce que je comprends, "udisksctl power-off" éteint la partie du hub USB à laquelle est raccordé le disque, ce qui implique la perte des fonctionnalités hotplug.
Peut-être que lire la doc du noyau relative à ces sujets aiderait (j'ai survolé de très haut en diagonale, je pense que tu peux trouver ton bonheur, mais sans garantie):
https://www.kernel.org/doc/html/v4.16/driver-api/usb/power-management.html
tu peux aller regarder directementaux paragraphes "xHCI hardware link PM", "USB Port Power Control" et "User Interface for Port Power Control"