Отсюда:
http://www.onlinedics.ru/slovar/inyaz/s/_arij.html"...АРИЙ - Конечная составная часть иноязычных существительных со значением "помещение, место, предназначенное для определенной цели", напр.: виварий, колумбарий."
Ещё сюда же "розарий", "серпентарий", "дендрарий", "солярий", "бестиарий".
Все примеры с живым миром связаны, не могу вспомнить что-то более абстрактное. Так что я бы сказал, помещение для жизнедеятельности существ. :) Бестиарий чуть особняком, это сборник текстов о жизни животных. Тоже "помещение", только виртуальное, они живут на страницах.
Слова на "-орий"/"-ория":
"лекторий", "крематорий", "профилакторий", "консерватория", "амбулатория".
Помещение или хранилище чего-то абстрактного (знание, музыка) или.... ээ... не очень живого, включая больных людей. О_о
Так что на Ваш выбор: если пакеты живые-здоровые, то репозитарий, если неодушевлённо-мёртвые, то репозиторий. :))