Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys)"
У меня всё работает. lenny с последними апдэйтами
Очень интересно - только буквально пару месяцев назад советовали переписать это на XkbLayout ",winkeys"
А тем временем в xkb-data варианта "winkeys" больше нет. (unstable)